Climaticamente il periodo migliore in assoluto va da novembre a marzo, ma è buono anche da agosto ad ottobre.
Il periodo delle piogge solitamente va da metà aprile a metà luglio, i mesi peggiori sono maggio e giugno.
A Watamu fa caldo tutto l’anno, le variazioni stagionali di temperatura sono contenute, con una stagione calda da novembre ad aprile in cui le temperature giornaliere sono intorno ai 31/33 gradi e di notte 23/25 gradi, e una stagione fresca da giugno a settembre, in cui di giorno sono intorno ai 27/28 gradi e di notte 22 gradi.
Il mare a Watamu è caldo a sufficienza per fare i bagni tutto l’anno, la temperatura varia dai 25 gradi di agosto, ai 28/30 gradi da novembre e aprile.
Watamu si trova vicino all’equatore, per cui è al riparo dai cicloni tropicali, come il resto della costa del Kenya.